云南普洱茶的后发酵主要有三种方式：传统发酵、人工控制发酵和人为添加菌种发酵。利用代谢组学分析表明，普洱茶发酵过程中微生物组成、集体功能基因和风味化合物发生了显著变化，并提出了茶褐素、甲氧基酚类化合物、乙醇和香芹酮等主要风味物质的形成途径。

普洱茶在渥堆发酵过程中，晒青茶和老黄片的芳樟醇呈波浪式降低趋势，受胞外酶和微生物代谢产生的热量共同作用，芳樟醇大量被氧化，芳樟醇氧化物呈增加趋势。现代普洱茶的发酵不仅仅停留在传统发酵，还可以通过人工控制发酵的湿度、温度、时间等稳定普洱茶的品质，提高其可控性。

在发酵的过程中不同的菌种对普洱茶的品质可产生不同的影响，通过人为接种特定的菌种，可以抑制杂菌和有害菌群的生长、提高生产效率、保证产品的稳定性。

普洱茶贮藏从前，普洱茶有“生产在云南，储存在广州”之说，但随着近年来云南的仓储技术的进步，普洱茶的仓储已经回归“家乡”，从以前的“东莞仓”发展到现在的“昆明仓”、“普洱仓”、“临沧仓”等。

贮藏是普洱茶的后续加工过程，不同贮藏条件对普洱茶成分转化的影响也不同，且湿仓贮藏对各成分的影响较干仓贮藏更为明显 。将同种原料的普洱茶分别在不专题综述5同环境贮藏一段时间后，普洱茶的香气成分发生了显著的变化 。